El plazo de conservación de los documentos mercantiles, la contabilidad y las liquidaciones fiscales

Muchas entidades tienen dudas de durante cuánto tiempo han de conservar la documentación contable y fiscal.

La respuesta siempre ha sido la misma: durante el período más amplio al que por cualquier normativa (mercantil, fiscal o penal) se vean obligados.

Hasta ahora, con carácter general, el plazo más amplio lo señalaba la normativa mercantil.

Así, la prescripción de la obligación tributaria se encuentra regulada en los artículos 66 a 70 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria, en adelante, LGT. Y dicha ley reconoce expresamente, que tanto el derecho de la Administración a liquidar, a recaudar y a sancionar, como el derecho del obligado tributario a solicitar y obtener devoluciones, están sometidos a un plazo de prescripción de cuatro años, pasado el cual, decaen y no pueden ser ejercitados.

El plazo de prescripción penal del delito fiscal es de cinco años a contar desde la comisión del delito.

En cambio, en el ámbito mercantil, todo empresario está obligado a llevar una contabilidad ajustada al Código de Comercio, con independencia del régimen fiscal al que esté sometido. En este sentido, el artículo 30 del Código de Comercio establece que â€œlos empresarios conservarán los libros, correspondencia, documentación y justificantes concernientes a su negocio, debidamente ordenados, durante seis años, a partir del último asiento realizado en los libros, salvo lo que se establezca por disposiciones generales o especiales”.

Sin embargo, la conflictividad existente en materia de prescripción del derecho a la comprobación de bases, cuotas y deducciones pendientes de compensar o aplicar, ha hecho que se modifique de forma sustancial esta institución a través de la Ley 34/2015, de 21 de septiembre, de modificación parcial de la LGT, diferenciado el derecho, o más bien facultad, de la Administración a comprobar e investigar y, el derecho de la Administración a determinar la deuda tributaria.

En primer lugar, es importante distinguir entre la prescripción del derecho a liquidar, regulada como tal en el artículo 66 de la LGT, y la del derecho a comprobar e investigar, regulada en el nuevo artículo 66.bis. Este último artículo, precisa que la prescripción de derechos por un período de cuatro años regulada en el artículo 66 no afectará al derecho de la Administración a comprobar e investigar regulado en el artículo 115 de la LGT.

Salvo en los supuestos de créditos fiscales, se consagra la imprescriptibilidad de la posibilidad de la Administración de comprobar e investigar los elementos de la obligación tributaria referente a períodos ya prescritos, cuando los mismos tengan eficacia en ejercicios no prescritos (esto siempre ha conllevado que, por ejemplo, si un bien se amortiza en diez años, deba conservase su factura de compra no durante cuatro años, sino hasta los cuatro años siguientes al último periodo en que se aplicó la amortización, es decir, durante catorce años).

Y además, se reconoce en el artículo 115.2 de la LGT la facultad de la Administración tributaria para calificar hechos, actos, actividades, explotaciones y negocios con origen en períodos ya prescritos pero que surten efectos en períodos no prescritos, con independencia de la previa calificación que el obligado tributario hubiera dado aquéllos.

Así, puede suceder con créditos fiscales, bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación o deducciones aplicadas o pendientes de aplicación, donde el derecho de la Administración para iniciar el procedimiento de comprobación prescribe excepcionalmente a los diez años contados desde el día siguiente a la finalización del plazo establecido de declaración correspondiente al ejercicio o período en que se generó el derecho, pero no obstante lo anterior, una vez transcurrido el período de diez años indicado, y salvo que la normativa propia de cada tributo establezca otra cosa, la limitación del derecho a comprobar no afectará a la obligación de aportación de las declaraciones en que se incluyeron las bases, cuotas o deducciones y de la contabilidad. En consecuencia, el contribuyente seguirá teniendo la obligación de aportar las liquidaciones o autoliquidaciones en las que se incluyeron dichas bases, cuotas o deducciones y la contabilidad con ocasión de los procedimientos de comprobación e investigación de ejercicios no prescritos en los que se produjeron las correspondientes compensaciones o aplicaciones.

Se diferencia por tanto, la prescripción de los créditos fiscales pendientes de compensación o aplicación (10 años), de la facultad de la Administración a comprobar operaciones, hechos, negocios u otros actos que afecten a ejercicios no prescritos que se considera imprescriptible.

En virtud de lo anteriormente expuesto, podemos concluir lo siguiente:

  • El plazo general más amplio de conservación de la documentación se establece con carácter general en la normativa mercantil y es de seis años desde el último asiento en los libros.
  • Pero se mantiene el reconocimiento del derecho de la Administración a desarrollar sus funciones de comprobación e investigación, así como la facultad para calificar hechos, actos, actividades y explotaciones y negocios realizados por el obligado tributario en períodos ya prescritos, pero que surtan efectos en ejercicios no prescritos (artículo 115 LGT).
  • Por ello, la prescripción del derecho a liquidar fijada en cuatro años no afecta al derecho a comprobar e investigar (artículo 66.bis LGT).
  • Y para las bases imponibles negativas y deducciones, se establece un régimen específico. En estos casos, el derecho de la Administración a comprobar prescribe a los diez años antes indicados, pasados los cuales, subsiste no obstante la obligación, por parte del contribuyente, de su justificación mediante la aportación de las liquidaciones y de la contabilidad mientras no se hayan compensado o aplicado las bases negativas, deducciones, … (que recuérdese, en estos momentos por ejemplo las bases imponibles negativas pueden ser aplicadas con carácter indefinido) que por tanto deben ser conservadas también indefinidamente, o hasta pasados los cuatro años de prescripción desde su aplicación, compensación o de la finalización del plazo máximo para su aplicación.

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